Die Kontamination von Dieselkraftstoff durch Bakterien, Hefen oder Schimmelpilzen wird als Dieselpest bezeichnet. Folgen eines mikrobiologischen Befalls können Qualitätsverlust durch Zerstörung von Diesel und Schmieröl, die Korrosion von Tankwänden, Rohren und Filterelementen und verstopfte Filterelemente und Leitungen sein.
Durch das Auftreten von Mikroorganismen und die dadurch entstehende Bioschlammschicht kann es zu Funktionsstörungen von Dieselantrieben kommen. Filter und Treibstoffleitungen werden durch den Bioschlamm verstopft, der Fluss des Kraftstoffes zum Motor wird behindert.
Ebenfalls kann es zu biologisch induzierter Korrosion an Tank- und Treibstoffsystemen durch ein starkes Aufkommen von Mikroorganismen im Treibstoff – insbesondere bei saisonal benutzten Fahrzeugen mit längeren Standzeiten und dieselbetriebenen Notstromaggregaten – kommen. Tanks oder Kanister, die selten benutz werden oder entsprechend lange gelagert werden, sind oft von einer Kontamination betroffen. In Tanks von Schiffen kann es häufig zur Bildung von sogenanntem Bioschlamm kommen. Auch Heizöl aus Ölheizungen in selten beheizten Häusern kann von Mikroorganismen befallen sein.
Kontaminationen in Treibstoffen können durch jegliche Verunreinigung innerhalb der gesamten Lieferkette – von der Raffinerie über Zwischenlager bis zum Fahrzeugtank – auftreten.
Kohlenwasserstoffe aus Kraftstoff und Wasser, das in geringem Maß z.B. als Kondensat in Kraftstoff enthalten ist, dienen den Mikroorganismen als Nährstoffe. Bei Zusatz von Biodiesel werden den Mikroorganismen weitere gut verwertbare Komponenten zugeführt, was zu einer Verstärkung der Bioschlammbildung führen kann. Typische Bakterien, die Treibstoffhabitate besiedeln, sind u.a. Cyanobakterien, Pseudomonas aeruginosa oder sulfatreduzierende Bakterien. Weiters können Hefen und Schimmelpilze in Treibstoffen wachsen. Neben Maßnahmen wie Entwässerung, Verhinderung von Leerräumen oder Zusatz von Additiven oder der Einsatz von antibiotisch wirksamen Filtermatten für Dieselfilter, spielt die Detektion und Quantifizierung von Mikroorganismen im Labor eine Rolle.